MinION ONT: Inovasi dalam Riset Molekuler dan Ketelusuran Produk Perikanan untuk Meningkatkan Food Safety di Indonesia

Indonesia, negara kepulauan dengan biodiversitas yang sangat kaya, menghadapi tantangan dalam pengelolaan sumber daya alam, terutama dalam sektor perikanan. Di tengah tantangan tersebut, teknologi nanopore sequencing, khususnya alat MinION dari Oxford Nanopore Technologies (ONT), muncul sebagai solusi inovatif yang dapat mendukung riset molekuler dan ketelusuran produk perikanan. Artikel ini akan membahas berbagai aplikasi MinION dalam riset molekuler oleh para penelitia di Indonesia, termasuk studi terbaru tentang dampak bendungan terhadap biodiversitas ikan.

Aplikasi Nanopore Sequencing dalam Riset Biodiversitas

Sebuah penelitian yang dilakukan oleh Peneliti di Indonesia (Kurniawan, 2024) yang berhasil dipublikasikan di jurnal Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems mengungkapkan pentingnya menggunakan teknologi eDNA (DNA lingkungan) untuk mengevaluasi biodiversitas ikan dalam konteks perancangan “fishway” di Bendungan Caringin, Sungai Cibareno, Indonesia. Penelitian ini menggunakan alat MinION Mk1B untuk melakukan metabarcoding eDNA, yang memungkinkan identifikasi spesies secara akurat dan efisien.
Penggunaan MinION dalam penelitian ini memberikan sejumlah keuntungan signifikan:

• Portabilitas: MinION bersifat portabel, memungkinkan penelitian dilakukan di lokasi yang sulit dijangkau tanpa memerlukan laboratorium besar.
• Akurasi Tinggi: MinION menghasilkan data berkualitas tinggi dengan akurasi yang mencapai 92,71% hingga 94,10%, sehingga sangat efektif dalam identifikasi spesies.
• Analisis Real-Time: Kemampuan untuk melakukan analisis secara langsung mendukung pengambilan keputusan yang cepat dalam pengelolaan biodiversitas.

Dokumentasi Riset : https://doi.org/10.1002/aqc.4250

Penelitian ini berhasil mendeteksi 72 spesies akuatik, termasuk 40 spesies ikan dan 7 spesies krustasea melalui metode eksperimental dan eDNA. Beberapa temuan kunci dari studi ini adalah:

• Terdapat perbedaan signifikan dalam kekayaan spesies antara lokasi hulu dan hilir bendungan.
• MinION berhasil mengidentifikasi 36 spesies ikan melalui metabarcoding eDNA, yang sebelumnya tidak terdeteksi oleh metode penangkapan.
• Spesies diadromous (yang migrasi antara air tawar dan laut) menunjukkan kebutuhan akan desain fishway yang efektif untuk mendukung migrasi mereka.

Gambar: MinION portable nanopore sequencing device

Jadi, penggunaan Nanopore Sequencing (MinION) dalam penelitian biodiversitas ikan tidak hanya menunjukkan kekuatan teknologi modern dalam ekologi dan konservasi, tetapi juga menyoroti pentingnya integrasi metode untuk mendapatkan data yang lebih akurat dan lengkap. Dengan informasi ini, perencanaan dan pelaksanaan fishway di Sungai Cibareno dapat dilakukan dengan lebih efektif, mendukung keberlanjutan dan kesehatan ekosistem perairan kita.

Revolusi Ketelusuran Produk Perikanan dan Kelautan melalui Teknologi Nanopore Sequencing

Selain aplikasinya dalam penelitian biodiversitas dalam ekologi dan konservasi, MinION Nanopore sequencing juga sangat berpotensi diterapkan dalam keamanan produk pangan perikanan di Indonesia. Dalam menghadapi peningkatan permintaan global akan seafood, keberlanjutan sumber daya kelautan menjadi tantangan yang sangat penting. Untuk mengatasi isu ini, teknologi nanopore sequencing menawarkan solusi inovatif dalam menelusuri asal produk perikanan dan kelautan, yang krusial untuk menjaga keanekaragaman hayati dan memastikan pengelolaan yang berkelanjutan.

Penelitian yang dilakukan oleh Shum et al. (2024) menunjukkan bahwa nanopore sequencing, khususnya dengan perangkat seperti MinION MK1b dan Native Barcode, memungkinkan identifikasi spesies dengan cepat, hanya dalam waktu kurang dari satu jam. Metode ini telah terbukti efektif dalam mengidentifikasi spesies hiu dan pari melalui analisis mtDNA genome, yang membantu menentukan asal produk dan mencegah praktik penangkapan ikan ilegal. Temuan Kunci dari Penelitian:

1. Identifikasi Cepat dan Akurat: Nanopore sequencing menyediakan alternatif cepat dan portabel untuk pengenalan spesies, yang sebelumnya mengandalkan metode tradisional yang lebih lambat dan kompleks.
2. Pengumpulan Data Genetik yang Luas: Teknologi ini mampu menghasilkan data genom yang komprehensif, memungkinkan peneliti untuk mengakses informasi tambahan mengenai keragaman genetik dan asal spesies.
3. Aplikasi Praktis: Penelitian ini menggarisbawahi penerapan teknologi ini dalam konteks pasar seafood yang beragam, termasuk pengujian pada produk perikanan dari Inggris dan Indonesia.

Nanopore Sequencing untuk Transparansi dan Keberlanjutan Perikanan

Nanopore sequencing menawarkan nilai tinggi dalam ketelusuran produk perikanan, terutama dalam hal:

• Pengelolaan Sumber Daya Berkelanjutan: Dengan kemampuan untuk menentukan asal geografis spesies yang teridentifikasi, teknologi ini berkontribusi pada usaha global dalam melindungi keanekaragaman hayati dan mengelola stok ikan secara berkelanjutan.
• Meningkatkan Transparansi dalam Rantai Pasokan: Dengan menelusuri asal produk, konsumen dapat lebih percaya pada keaslian seafood yang mereka beli, sementara industri dapat memastikan kepatuhan terhadap regulasi lingkungan.
• Inovasi dalam Proses Analisis: Proses analisis yang mencakup pengumpulan sampel, persiapan DNA, dan sequencing memungkinkan penelitian yang lebih efisien, serta memfasilitasi pemetaan asal dan hubungan filogenetik antara spesies.

Teknologi nanopore sequencing tidak hanya mempercepat proses identifikasi spesies dalam produk perikanan, tetapi juga membuka jalan baru untuk ketelusuran dan pengelolaan sumber daya kelautan. Inovasi ini berpotensi memainkan peran kunci dalam memfasilitasi monitoring dan pengawasan perdagangan seafood, serta mendorong praktik yang lebih bertanggung jawab dalam industri perikanan. Dengan kolaborasi antara ilmuwan, pembuat kebijakan, dan industri, teknologi ini dapat diterapkan secara luas untuk mencapai keberlanjutan jangka panjang bagi ekosistem kelautan Indonesia. Penelitian ini menunjukkan bahwa menggunakan nanopore sequencing dapat menjadi langkah maju yang signifikan dalam menghadapi tantangan keberlanjutan di sektor perikanan global.

Sumber:

1. Kurniawan, Kurniawan., et.al., 2024. “Integrating Direct Experimental Fishing and Environmental DNA Metabarcoding to Assess Fish Biodiversity in the Cibareno River, Indonesia, to Support Fishway Design”. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2024; 34:e4250 1 of 19 https://doi.org/10.1002/aqc.4250
2. Peter, Shum., et.al., 2024. “Nanopore sequencing facilitates screening of diversity and provenance of seafood and marine wildlife”. Food Control. Volume 161. https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2024.110382

Advisains dapat memfasilitasi diskusi lebih lanjut mengenai Produk Oxford Nanopore Technologies. Sampaikan Kebutuhan Riset Anda Tim advisor spesialis kami sangat antusias mendukung keberhasilan riset dan aplikasi rutin Anda. Maka, jangan ragu untuk chat sekarang (+62 817 9154 607/info@advisains.id).

Daftar produk Oxford Nanopore Technology

Baca juga:
– Tahapan Lengkap Workflow Next Generation Sequencing (NGS)