Metode PCR saat ini sudah bukan lagi istilah asing di masyarakat terlebih setelah pandemi COVID-19. Salah satu metode yang paling populer adalah qPCR atau Quantitative Polymerase Chain Reaction. Sebenarnya qPCR merupakan salah satu pengembangan dari PCR konvensional. Selain qPCR, metode yang menggunakan dasar PCR konvensional adalah dPCR atau PCR Digital.
Pengertian qPCR
qPCR adalah suatu metode untuk mendeteksi dan mengukur jumlah DNA atau RNA dalam sampel biologis secara real-time dari amplifikasi ikatan pewarna fluoresens dan sampel. Dengan metode qPCR kita bisa menghitung jumlah target yang teramplifikasi dengan membandingkan hasilnya dengan kurva standar.
Pengertian dPCR
dPCR adalah metode deteksi DNA atau RNA dengan cara memisahkan molekul asam nukleat menjadi ratusan ribu bahkan jutaan partisi yang terpisah dan kemudian melakukan PCR pada setiap partisi secara terpisah. Setelah PCR selesai, Analisis hasil dan perhitungan jumlah dari setiap partisi secara digital. Tidak seperti qPCR, pada dPCR tidak perlu kurva standar untuk melakukan kuantifikasi.
Kelebihan dan Kekurangan
Berbeda dengan qPCR, dPCR dapat memberikan pengukuran yang sangat presisi, bahkan untuk sampel dengan konsentrasi target yang rendah. Karena partisi sampel menjadi banyak reaksi yang diperlukan lebih kecil. Namun, qPCR juga tidak bisa membedakan kuntifikasi yang perubahannya kurang dari 2-fold sedangkan pada dPCR bisa membedakan sampai 5 copies template.
qPCR dengan protocol fast bisa menjalankan amplifikasi lebih cepat dengan hanya 30 – 40 menit dibandingkan dengan dPCR. Selain itu, qPCR merupakan relative kuantifikasi dimana memberikan fleksibilitas untuk kuantifikasi sampel dengan membandingkan dengan kurva standar. Sedangan untuk dPCR merupakan absolut kuantifikasi.
qPCR lebih rentan terhadap inhibitor dibandingkan dengan dPCR karena pada dPCR partisi sampel dibagi dalam mikroreaksi, tentu saja membuat PCR inhibitor terdilusi sehingga dPCR ini bisa digunakan untuk sampel – sampel yang kemurniannya kurang bagus.
Manakah yang harus saya gunakan untuk penelitian saya?
Baik qPCR dan dPCR kita dapat menggunakan keduanya bisa untuk aplikasi yang sangat luas. Mengingat berbagai macam variable apabila ingin melakukan penelitian mengenai single nucleotide polymorphisms (SNPs), mutasi, copy number variations, dan genome editing akan lebih cocok apabila menggunakan dPCR karena lebih sensitif dan akurat. Untuk deteksi patogen dan juga analisis mikroba qPCR akan sangat direkomendasikan karena lebih high throughput dan juga bisa membedakan antar varian.
Saat ini memang qPCR merupakan teknologi yang lebih matang jika kita membandingkannya dengan dPCR, lebih banyak literatur dan juga reagen yang berkembangkan untuk metode ini sudah sangat bervariasi dan mumpuni ketimbang dPCR. Tetapi kedua metode ini menberikan solusi untuk masing-masing dari penelitian kita.
Advisains dapat memfasilitasi diskusi lebih lanjut mengenai product qPCR/dPCR. Sampaikan Kebutuhan Riset Anda Tim advisor spesialis kami sangat antusias mendukung keberhasilan riset dan aplikasi rutin Anda. Chat sekarang (+62 817 9154 607/info@advisains.id).
Referensi:
- Quan, P.-L.; Sauzade, M.; Brouzes, E. dPCR: A Technology Review. Sensors 2018, 18, 1271. https://doi.org/10.3390/s18041271
