Metode Next-generation sequencing (NGS) memiliki berbagai cara dalam mempersiapkan pengurutan DNA atau RNA serta opsi analisis data yang berbeda. Dalam artikel ini, kita akan membahas perbedaan utama antara Nanopore Sequencing dan Illumina Sequencing melalui tiga kategori kunci: metode sequencing, panjang bacaan, dan kelebihan masing-masing teknologi.
Metode Sequencing
Salah satu perbedaan utama antara kedua platform sequencing ini adalah metode yang digunakan.
- Nanopore Sequencing: Teknologi ini menggunakan variasi arus membran nanopore untuk mendeteksi perbedaan antara nukleotida. Ketika DNA melewati nanopore, perubahan arus listrik yang terjadi mengindikasikan jenis nukleotida yang sedang dianalisis.
Principle of the nanopore technology for DNA and RNA sequencing
- Illumina Sequencing: Sebaliknya, Illumina menggunakan terminator pewarna yang terikat pada empat basa DNA (A, C, T, G) dan mengukur emisi panjang gelombang yang bervariasi dari warna pewarna tersebut.
Panjang Bacaan
Panjang bacaan adalah aspek penting lainnya dalam perbandingan ini.
- Nanopore Sequencing: Mampu menghasilkan bacaan yang sangat panjang, mencapai ratusan kilobase. Panjang maksimum bacaan tergantung pada kualitas sampel dan panjang target, namun secara umum, bacaan yang dihasilkan lebih panjang dibandingkan dengan Illumina.
- Illumina Sequencing: Terbatas pada bacaan pendek, dengan panjang maksimum sekitar 500 pasangan basa (bp).
Kelebihan
Kedua metode memiliki kekuatan masing-masing yang sesuai untuk situasi tertentu.
- Nanopore Sequencing: Nanopore sequencing: dikenal lebih baik dalam hal perkaitan genom karena bacaan yang dihasilkan lebih panjang sehingga memudahkan dalam hal perakitan genome termasuk de novo assembly. Bacaan panjang yg dihasilkan akan meminimalisasi atau bahkan meniadakan gap bacaan yang dihasilkan. Selain itu nanopore sequencing tidak hanya menyediakan device sequencer versi benchtop, namun juga dikenal dengan portabilitas (MinION) nya yang sangat beruguna untuk proyek lapangan.
- Illumina Sequencing: Meskipun memiliki akurasi tinggi, terutama untuk sampel klinis, bacaan yang lebih pendek dapat menyulitkan proses perakitan genom.
Antara Nanopore dan Illumina: Mana yang Terbaik?
Memilih teknologi NGS yang paling sesuai untuk suatu proyek memerlukan pertimbangan yang cermat. Secara umum: Illumina adalah pilihan yang lebih baik untuk diagnosis klinis atau situasi yang memerlukan akurasi tinggi. Sedangkan Nanopore Sequencing lebih disukai untuk proyek di lapangan serta analisis variasi jumlah salinan (CNV) dan repetitive regions. Kedua metode ini juga dapat digunakan secara kombinasi untuk memberikan wawasan yang lebih komprehensif terhadap data genomik. Memahami kapan dan mengapa masing-masing metode harus digunakan sangat penting untuk mendapatkan wawasan berharga dari data penelitian.
Advisains dapat memfasilitasi diskusi lebih lanjut mengenai NGS | Oxford Nanopore Technologies. Sampaikan Kebutuhan Riset Anda Tim advisor spesialis kami sangat antusias mendukung keberhasilan riset dan aplikasi rutin Anda. Maka, jangan ragu untuk chat sekarang (+62 817 9154 607/info@advisains.id).
Baca juga:
– Tahapan Lengkap Workflow Next Generation Sequencing (NGS)
